奥林巴斯cellSens显微镜图像处理软件

奥林巴斯cellSens显微镜图像处理软件
奥林巴斯cellSens显微镜图像处理软件
  • 奥林巴斯cellSens显微镜图像处理软件
  • 图形化实验管理系统 (GEM)
  • 图形化实验管理系统 (GEM)
  • 多维成像
  • 孔板导航

Olympus cellSens产品特性

奥林巴斯cellSens平台根据操作者偏好的工作流程,创造了一种独特的个性化和直观的成像体验。在使用cellSens时,可以通过显示画面和放置的图标、工具栏来实现全方位的控制,从而简化桌面,增强效率。

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奥林巴斯cellSens显微镜图像处理软件

奥林巴斯cellSens平台根据操作者偏好的工作流程,创造了一种独特的个性化和直观的成像体验。在使用cellSens时,可以通过显示画面和放置的图标、工具栏来实现全方位的控制,从而简化桌面,增强效率。
cellSens便于使用,功能强大且灵活。软件使用了模块设计,可以根据预算,及成像应用进行选配。这就使该软件能够不断发展并满足研究的需求。

cellSens软件包

cellSens Entry

cellSens Entry是初次进行数字图像采集和文件记录的研究人员的理想选择。奥林巴斯的cellSens Entry通过独特的定制化界面对相机进行控制,确保了每一位用户都可以使用自己的设置采集到想要的图像。

cellSens Standard

奥林巴斯cellSens Standard是基于cellSens Entry的升级软件包,图像采集不限于单一图像,同时具有高级图像采集处理能力 (比如延时处理) ,并可以控制电动和编码显微镜组件。测量功能也得到扩展,具有多种形态参数,以及交互功能且不会影响已测量过的图像即可自由编辑测量目标:仅需要单击即可将所有结果导出到Microsoft Excel。cellSens Standard采用了可以增加更多的“Solutions”以增加更多的功能,因此具有可扩展性。全景成像和景深扩展使显微镜不再受到其光学成像的限制,而NetCam功能使该设备能够方便而自由地通过局域网或互联网投射实时图像,用于协作和教学目的。

cellSens Dimension

奥林巴斯cellSens系列产品中最全能的成员是cellSens Dimension,它具有一种独特而突出的性能,即新的图形化实验管理系统。不用花费时间培训,初学者仅需点击几次鼠标,“制定”出实验计划,即可完成对复杂研究的成像以及稳定的控制。以自动循环、用户交互和全方位的硬件控制来完成复杂的实验,并从一次实验中自动产生多个结果。cellSens Dimension进一步以cellSens standard的功能为基础做了升级,提供包括Z-序列采集、 自动对焦和实时图像的去模糊等功能。除了能够控制第三方高端相机和光源外,还可以使用高级分析工具快速处理采集到的数据,然后轻松地发送到可定制的报告中,使报告编辑人可以很容易地直接使用Microsoft Word进行编辑。此外,还具有被称为“Solutions”的选配扩展插件,以实现一些高级或其他特定的功能。

cellSens Dimension Desktop

离线处理和分析。可将任何计算机变为一个处理和分析工作站。离线软件包不包括显微镜成像系统,仅用来实现图像处理和分析。

图像采集和实验设计

直观操作进行高级的图像采集

图形化实验管理系统 (GEM)

独特的图形化实验管理系统 (GEM) 放弃了常见的基于面板的复杂界面,允许用户简单地在屏幕上“绘制”实验计划,即可进行最复杂的成像。可以将图标与特定的“帧”组合使用,以实现多通道、Z-序列和延时采集的任何组合,还能在不同的样本位置同时实施相同或不同的实验。可以在实验过程中设定用户交互,以及如果需要,直接控制任何显微镜电动部件。一次实验可以有多个输出,从而避免了多次采集,并且与奥林巴斯实时控制器组合使用后,可以完美地同步外部设备的控制,以提高整个实验设计的灵活性。

图形化实验管理系统 (GEM)图形化实验管理系统 (GEM)

多维成像

与电动显微镜组合使用时,进程管理系统很方便的采集多色和多维图像。使用选配的多位点解决方案还可以自动采集多点和大视野图像。

多维成像

多孔板导航器

多孔板导航器解决方案能够依照不同的孔板样式 (标准和定制) 自动扫描并采集图像。所有要求的图像,包括位置和用户备注都可以保存到系统的数据库里,以便于访问。可以按照行、列或任意方式为培养孔设置不同的成像条件。
还允许在单一孔板内完成多个试验,设定更加了灵活性。

孔板导航

全景成像

手动多图像拼接功能可以实时创建全景图像。 采用cellSens Dimension和选配的多位点解决方案也可以完全自动操作电动载物台进行大视野成像。此功能还可以与电动z轴对焦组合使用,图像采集时,自动校正样本扭曲和倾斜。

全景成像全景成像

景深扩展成像

用户通过样本缓慢对焦时记录下图像数据,EFI功能*能自动创建一个全景对焦图像。如果使用了电动对焦显微镜,则可以完全自动实现EFI处理。此类EFI功能,作为采集处理的一部分,或通过组合以前采集的多个Z-序列图像来创建。

* 此功能需要 “Dimension”版本或带“手动处理”解决方案的“standard”软件包。

复杂的图像处理

光谱拆分

cellSens Dimension中使用了线性分离算法,可以随时分离重叠在发射光谱里的荧光物质—比如GFP和 YFP — ,以产生无串色的荧光图像。这种线性分离工具也可以分离与自发荧光相关的背景。

光谱拆分 左:拆分前,右:拆分后

反卷积

cellSens Dimension包括用于实时预览和采集的实时2D去模糊功能,能够对厚标本进行更好的对焦。此外,cellSens里具有更先进的3D反卷积技术,重 新处理焦外信号。选配的CI反卷积解决方案使用了最新的限制迭代算法,以行业领先的技术改善了分辨率、对比度和动态范围。

Kei Ito, Ph. D. 分子和细胞生物科学研究所,东京大学

左:原始图像, 右:去卷积图像

细胞系:人类宫颈癌细胞系HeLa细胞
免疫荧光染色:Hec1染色(绿色,Alexa- 488),a-微管蛋白染色(红色,Alexa- 568),DAPI染色(蓝色)
来源于人类宫颈癌的有丝分裂HeLa细胞。有丝分裂纺锤体与着丝粒分别用anti-a-tubulin(红色)和anti-Hec1(绿色)抗体染色。通过着丝粒,染色体与微管相互作用构成有丝分裂纺锤体,蛋白质结构装配在染色体的着丝粒区域。
图像数据由日本东北大学癌症发展研究所,分子肿瘤学系的Masanori Ikeda和Kozo Tanaka提供。

最佳焦点提取

从图像中提取最佳焦点,包括Z-序列延时图像。即使在众多离焦延时图像中,此功能也能以可能的最佳焦平面创建T-系列图像。

最佳焦点提取

高动态范围 (HDR) 成像

HDR功能以不同的曝光时间自动采集多个图像,通过这种方法创建具有更高的动态范围图像,这种图像可清晰地显示低强度信号,又不会过度曝光样本的明亮区域。

相机和设备解决方案

用于cellSens Dimension的高端相机解决方案

为满足高级研究人员的需求,高端相机解决方案允许cellSens Dimension配置一些最新的EM-CCD相机。相机控制面板增加一些其它的控制,允许在常规的cellSens界面中轻松地使用高端相机。

用于cellSens Dimension的高端设备解决方案

高端设备解决方案允许cellSens使用一些高级设备,比如影像分割器和量压电动Z轴设备,从而极大地提高最大采集速度。该解决方案可以控制Yokogawa CSU-X1转盘共聚焦设备,允许cellSens用户实时追踪活样本快速动态的活动,并采用奥林巴斯实时控制器获取可靠的结果。

图像分析和工具

多样的分析方法和宏工具

用于测量和分类的自动目标识别

采用计数和测量解决方案可以进一步扩展多种测量方式。cellsens软件中广泛的手动测量功能可进一步扩展成计数和测量方案。在交互式界面识别目标的自动测量和分类总是与测量链接在一起。结果可以很方便的导出到Microsoft Excel中做进一步分析。

自动目标测量和分级用于测量和分类的自动目标识别

宏管理器

可以使用宏命令来执行典型的工作流程,比如从图像采集到数据分析。
宏命令可以同时应用到多幅图像。
宏管理器可以极大地减少复杂成像和分析任务的工作时间。

宏管理器

图像比较 (同步图像窗口)

采用同步缩放和移动并排显示图像,进行精确比较。

图像比较 (同步图像窗口)

手动测量

cellSens提供了各种测量工具,包括点之间的距离、面积、强度测量和形态学参数。测量数据作为图层保存,并可以导出到MS Excel和cellSens工作簿格式。

手动测量

强度分析

通过FRET或Ca2+成像获取的多色图像上简单的设置感兴趣区域(ROI),就可以图形方式描述强度和通道比率,并且可将数值导出到Excel或工作薄中。更精细的细胞结构细节可通过使用比率显示获得清晰的展示,这要归功于强度调节显示(IMD)功能,它能够通过色调和亮度展示比率和强度。此外,ROI可以随着细胞的移动而移动去捕捉测量,在线分析功能可作为选配插件。图像处理功能插件可应用于FRAP实验的图像分析和曲线拟合。

Ratio图像的显示/分析FRAP分析功能

动目标计数和分类 – 点击计数

cellSens点击计数功能允许研究人员进行便捷的手动细胞计数。点击鼠标标记细胞或其它目标,计数并自动分配给用户定义的目标分类。为了完成进一步的分析或文件记录,cellSens能够方便地将数据导出到MS excel。

动目标计数和分类 – 点击计数

创建报告和数据库

报告

只需简单的拖拽操作即可使用便捷的报告工具将图像与参数数据、测量数据和用户定制文档组合进报告模板里。这些Microsoft Word*报告能够实现与同事的快速而轻松的合作,以及交流结果。

* 需要Microsoft Word version 2007或后续版本

数据库

数据库核心解决方案允许创建用户定义的数据库,具有完全的访问控制权限,可以实现网络共享。数据库不但收集图像,还包括所有相关的图像参数、用户评论和任何相关的文件,比如用于其它文件的电子表格。交互式查询工具使其可以更容易地找到所需的数据,自动预览找到的图像。使用数据库客户解决方案可以从不同的工作站便捷地查看和修改共享数据库。

数据库

可扩展性

远程实时图像

cellSens NetCam解决方案使用了标准的TCP/IP协议,能够方便地用网络传送实时图像和保存的图像用于教学、监视或监督。因此,即使在实验室以外,同事或监督员也可以从网络上的任何点进行监视,从而提高了实验室的效率。

远程实时图像

解决方案

使用选配的“Solutions”可以将每个cellSens软件包扩展到指定的应用。

功能EntryStandardDimension
CI反卷积--x
多位点--x
多孔板导航器--x
计数和测量--x
比率--x
图片处理--x
数据库核心-xx
Net Cam-xx
数据库客户端xxx
多通道采集-x-
手动进程-x-
高端相机--x
高端设备--x

*cellSens软件不能应用于全领域

个性化和用户界面

黑色皮肤

黑色皮肤减少了计算机显示器产成的环境光,使cellSens用户可以适应变暗的环境;图标保持高反差,以便于识别和快速选择。

黑色皮肤

可定制的窗口布局

可以安排工具和窗口,以适合正在进行的工作,优化布局的功能。

可定制的窗口布局

工作流定向布局标签

所有常见的功能都集成在标签里,组合了所有相关的选项和设置。这些布局标签允许用户根据特定的工作流程轻松地选择想要功能。例如,在采集标签下显示相机控制性能。切换到下一个进程标签时,则从视图去掉了这些显示。

我的功能 -

cellSens使用户可以为常用的功能创建并保存定制的工具栏,然后保存到我的功能窗口。

我的功能